Me has cogido con tiempo y ganas.... jejeje
En cualquier sistema de refrigeracion (liquida), hay un liquido que rodea el cilindro y la culata , que a traves de unos manguitos se conecta con el radiador, que es donde se enfria ese liquido circulando de arriba hacia abajo mientras se disipa el calor en el aire que circula a través suyo , por estar enfrentado a la marcha de la moto.
A parte de eso hay una bomba que fuerza el liquido el moverse por el circuito, un termostato que corta el paso de agua y que solo se abre una vez que el liquido alcanza una temperatura (entorno a 90 grados mas o menos) y un vaso de expansión (el bote ese donde se revisa el nivel y ves el liquido , ya sea rosa , verde o como sea). Solo nos faltaria por mencionar el ventilador que va montado detras del radiador y que se conecta cuando la temperatura es alta( en ciudad por ejemplo) y fuerza el aire a pasar por el radiador enfriando el liquido , por estar la moto parada o circular a baja velocidad y no haber casi refrigeración en esa situación.
Todo esto dicho así en plan rápido.
En un coche por ejemplo si vacias el circuito, el vaso de expansión también se vacia puesto que forma parte de el. En la moto digamos que es un añadido y esta unido al circuito (pero en un extremo, como digo) de tal forma que, como dices puedes vaciar el circuito y que no salga el liquido que hay dentro.
Cuando el circuito esta en funcionamiento (todo montado y lleno) al aumentar la temperatura , el liquido aumenta de volumen un poco y necesita tener ese vaso de expansion que recoja ese "exceso de volumen" y cuando se enfria el circuito, de igual manera se crea un vacio que chupa el liquido que necesita del vaso de expansion, recuperando el nivel. Vamos que es normal lo que te ha pasado.
Puedes si quieres desmontar el vaso , limpiarlo por dentro si esta sucio (metiendo arena y agitandolo por ejemplo) y luego montar todo otra vez y rellenar con liquido nuevo.
A la hora de purgar el circuito para sacar el aire, presiona y suelta los manguitos gordos que esten a tu alcanze , para intentar obligar al liquido a moverse y que salga el aire o abre algún purgador de la parte alta (si es que lo tiene) o el mismo tapón por el que llenas con refrigerante. Una vez que esta bastante lleno, puedes arrancar la moto y que trabaje, puesto que el aire ira saliendo solo, pero revisa continuamente la temperatura hasta asegurarte de que salta correctamente el ventilador y la temperatura no sube de un valor normal.
Una vez que se enfrie de nuevo, es posible que tengas que rellenar otra vez el nivel pues pasara lo que hemos dicho antes y parte de lo que hay en el vaso de expansion entrara en el circuito, quedando el nivel bajo.
Imagino que es esto a lo que te referias......