Al ser inyeccion tendria que marcar algun fallo ..........aunque no siempre lo hace y por lo que dices a de ser algo muy leve; Si fuera del sistema de starter que controla la centralita, entiendo que tendrias que haber notado cambio al poner otra centralita, pero lo mismo algun sensor no esta mandando la señal correspondiente (temperatura motor, temp ambiente, posicion del acelerador)....... en el manual de taller te dara los valores de resistencia de los distintos sensores, aunque yo en este aspecto estoy flojo.
Siempre te vendria bien repasar las conexiones de sensores y demas componentes electricos, aunque a priori no es una moto tan antigua, pero puede haber un sensor (suelto- mala conexion por suciedad o lo que sea) y en ese caso da un valor medio por lo que no ajustaria en frio como tendria que hacerlo.....
suerte