Tratar de solucionar el tema por aquí es especular mucho creo yo. Pero bueno, lo intentamos...
Yo tengo la válvula anulada, quedando completamente abierta, y mi moto va perfecta, por lo que pienso que, por algún motivo, la mezcla que entra en los cilindros no es correcta. El color correcto de las bujías es café con leche, y no ese tan negruzco.
Dices que el AIS, que tengo entendido que es un sistema que mete aire limpio a los gases de escape para que se quemen más y contaminar menos, lo tienes anulado. No sé hasta que punto influye en lo que comentas, pero yo optaría por dejar todo lo más de origen posible para poder encontrar mejor el fallo.
¿Sincronización de las mariposas de inyección? ¿La propia inyección? Imagino que de filtros estará bien y que no hay ninguna obstrucción..... no te sé decir exactamente.
Cuentanos con lo que vayas viendo, a ver si entre todos lo podemos solucionar.