Yo normalmente los pongo iguales los 4 y siempre me ha ido bien , aunque algunos especifican en el manual lo que dices.
Al final el manual es el que manda.
Si regulaste altura de flotadores y demás podemos pensar que todo esta ok en los carbus a falta de la regulación en tornillos, pero creo que es demasiado gordo el fallo que dices como para que sea solo ajuste de los tornillos piloto. En mi gs 500 creía tener todo en el sitio y un pequeño paso de aire me estaba volviendo loco.
No dices nada del filtro del aire, también pondría bujias nuevas y revisaria el estado de los cables de bujia, se puede sacar los capuchones que suelen ir a rosca y revisar el estado por si no lo ves bien, cortando un poquito para sanear y volviendo a montar.
Muy importante revisar el tema de los tubos que te dije, que al montar el deposito en su posición final no quede nada estrangulado faltando combustible , igual que no tener tomas de aire en conductos sin tapar o rajas en los principales que unen los carbus a la culata.
Si sacas bujías te indican algo? que aspecto tienen ?