Hola shark77.
En primer lugar, es costumbre en este foro que el primer post sea en la sección de bienvenida, dándote así a conocer.
Respecto a tu consulta, no hay una temperatura en la que la moto se apague por seguridad. El manual de tu moto te indica el rango de temperatura para la que tu, usuario, debes estar atento.
El ventilador se enciende cuando la centralita así lo decide en función de los parámetros que lee. Por lo general, se enciende a 104 ºC, pero también lo puede hacer, por ejemplo, a 92 ºC.
Ten en cuenta que cuando cortas la moto, ésta sufre un "golpe de calor", es decir, sube unos cuantos grados más, y luego ya se empieza a enfriar. Si tu moto está "ardiendo" y vas a pararla, te recomiendo que la dejes un rato a ralentí para que pueda evacuar más calor y así el golpe que va a sufrir cuando la cortes sea menor.