Apunta algo más a la lista para revisar: Reglaje de válvulas.
Tiene pinta de que no entra la suficiente gasolina. Chequea a ver si tiene la bomba de gasolina jodida.
3 años parada, la moto tendría que haber estado "vacía" de todo, para que no se picaran los manguitos, por ejemplo. Si no se dejó vacía al completo, pues puede haberse comido algo, creado suciedad, etc, etc.
Chequea también la masa de cables, por si alguno estuviera suelto, alguna clema, etc.
Sigue chequeando cosas, pero me vuelco un poco en la bomba de gasolina para seguir con lo que has hecho e ir descartando cosas...