Yo lo hago cogiendo maneta y abriendo purgador. No hay problema si no lo haces a todo correr (que se generan como dices burbujas) pero se hace bien. Imagino que tardas mas porque dices que no pulsas la maneta hasta el final y estas perdiendo recorrido y por tanto envías menos liquido hacia la pinza.
Al final las burbujas tienden a quedarse en puntos altos como por ejemplo en la unión entre la bomba y el latiguillo , pudiéndote volver un poco loco, pero poco mas. En la pinza no hay problema ya que el purgador esta en el punto mas alto.
Respecto a lo del gasto de pastillas desigual , pasa siempre..... al menos en pinzas digamos normales que tienen el pistón o pistones solo en un lado de la pinza.
En fin que como te dije cada uno lo hace a su manera y si a ti te va bien así, pues perfecto.